Els vestigis de la presència musulmana en el terme municipal de l'Alcora són relativament abundants. Destacarem ací, per la seua singularitat i importància el castell de l'Alcalatén, que dóna nom a la comarca, la capçalera de la qual és l'Alcora, encimbellat en la part alta d'un penyal a 370 m. d'altitud i a pocs km. del nucli urbà.

Recentment s'ha posat en marxa projecte de conservació que contempla l'excavació de l'alcassaba, la consolidació de les estructures existents i la posada en valor del conjunt pel seu interés patrimonial i paisatgístic. Igualment musulmà és l'origen del topònim i del nucli de població de l'Alcora, en el centre històric del qual es conserven alguns elements urbanístics i arquitectònics d'innegable arrel islàmica.

El 24 de juliol de 1233 la fortalesa i territoris de l'Alcalatén són presos per les hosts de Ximén d'Urrea. En els anys següents s'erigix als peus del castell una ermita d'estil de transició romanicogòtic, tipleo de la reconquista, baix advocació del Salvador.

Hi ha una citació a "L'Alcora" en el Llibre del Repartiment, que textualment resa "Ferrandus Zabata, locum qui dicitur Villar de L'Alcora iuxta fontem del Cep. X kalendas octobrís" (A Ferrando Zapata, el lloc denominat Villar de L'Alcora, junt amb la font del Cep.

22 de setembre -de 1238-). No obstant, existixen raonats dubtes en el sentit que esta citació puga correspondre a una altra "l'alcora" (topònim àrab molt habitual que fa referència al territori o jurisdicció d'un castell).
El 31 de desembre de 1305 s'atorga Carta de Poblament a l'Alcora. Per ella, D. Juan Ximénez d'Urrea, quint descendent directe de Ximén d'Urrea, dóna a poblar la "pobla de L'Alcora d'Akalatén", segons fur i costum d'Aragó, a 11 cavallers i membres de la noblesa amb la condició de portar 110 pobladors més, i reservant part de les terres per als musulmans que volgueren romandre en la vil·la. A partir de la concessió de la Carta de Població, l'Alcora va creixent en grandària i població en detriment de la Vil·la del Castell de l'Alcalatén.

Actualment es conserva un trasllat o còpia autoritzada de la Carta de Poblament en el Museu de Ceràmica, datada el 12 de juliol de 1333 i transcrita pel notari Mastegaré Çabater.

És el document més antic i important conservat a l'Alcora, pràcticament l'únic vestigi del voluminós arxiu històric municipal inventariat per D.Luis Revest en 1925 i desaparegut durant la Guerra de 1936-39. Per este inventari coneixem, entre altres coses, que en 1306 Jaume II concedix Privilegi a la "vil·la nostra de les Alcoras" per a celebrar mercat els dimecres, tradició que hui, quasi set segles després, encara es manté.

El 31 de desembre de 1336 Juan Ximénez d'Urrea concedix manes per al sosteniment i construcció de l'església de l'Alcora. D'esta època conserva l'església parroquial alguns elements gòtics, emmascarats per les successives remodelacions i ampliacions que ha sigut objecte.

Data d'especial significació històrica per a la comarca de l'Alcalatén és 1418. Segons Concòrdia firmada pels municipis de Lucena del Cid i l'Alcora, s'acorda entre ambdós el repartiment de les terres del poblat de l'Alcalatén. situat als peus del castell homònim, que havia entrat en una profunda crisi poblacional durant el segle XIV. El document es conserva en l'arxiu històric de Lucena del Cid.

Entre les restes arquitectòniques adscribibles a estos segles cal destacar dos arcs apuntats localitzats en la plaça del Pati, junt amb el traçat de la muralla medieval del l'Alcora, de la que queden vestigis en nombrosos punts del nucli antic de la ciutat. També mereix menció l'antic Ajuntament, hui rehabilitat com a Casa de la Música, que guarda en el seu soterrani quatre arcs gòtics apuntats, un arc rebaixat renaixentista i un xicotet llenç de tàpia.