Los vestigios de la presencia musulmana en el término municipal de l'Alcora son relativamente abundantes. Destacaremos aqui, por su singularidad e importancia el castillo de l'Alcalatén, que da nombre a la comarca, cuya cabecera es l'Alcora, encaramado en lo alto de un peñasco a 370 m. de altitud y a pocos km. del casco urbano.
Recientemente se ha puesto en marcha proyecto de conservación que contempla la excavación de la alcazaba, la consolidación de las estructuras existentes y la puesta en valor del conjunto por su interés patrimonial y paisajístico. Igualmente musulmán es el origen del topónimo y del núcleo de población de L'Alcora, en cuyo centro histórico se conservan algunos elementos urbanísticos y arquitectónicos de innegable raiz islámica.

El 24 de julio de 1233 la fortaleza y territorios de l'Alcalatén son tomados por las huestes de Ximén d'Urrea. En los años siguientes se erige a los pies del castillo una ermita de estilo de transición románico-gótico, tipleo de la reconquista, bajo advocación del Salvador.
Existe una cita a "Alcora" en el Llibre del Repartiment, que textualmente reza "Ferrandus Zabata, locum qui dicitur Villar de Alcora iuxta fontem del Cepo. X kalendas octobrís" (A Ferrando Zapata, el lugar denominado Villar de Alcora, junto a la fuente del Cepo. 22 de septiembre -de 1238-). No obstante, existen razonadas dudas en el sentido que esta cita pueda corresponder a otra "alcora" (topónimo árabe muy habitual que hace referencia al territorio o jurisdicción de un castillo).
El 31 de diciembre de 1305 se otorga Carta Puebla a l'Alcora. Por ella, D. Juan Ximénez d'Urrea, quinto descendiente directo de Ximén d'Urrea, da a poblar la "puebla de Alcora de Akalatén", según fuero y costumbre de Aragón, a 11 caballeros y miembros de la nobleza con la condición de traer 110 pobladores más, y reservando parte de las tierras para los musulmanes que quisieran permanecer en la villa. A partir de la concesión de la Carta de Población, l'Alcora va creciendo en tamaño y población en detrimento de la Villa del Castillo de l'Alcalatén.

Actualmente se conserva un traslado o copia autorizada de la Carta Puebla en el Museo de Cerámica, fechada el 12 de julio de 1333 y transcrita por el notario Mascaré Çabater.
Es el documento más antiguo e importante conservado en l'Alcora, prácticamente el único vestigio del voluminoso archivo histórico municipal inventariado por D.Luis Revest en 1925 y desaparecido durante la Guerra de 1936-39. Por este inventario conocemos, entre otras cosas, que en 1306 Jaime II concede Privilegio a la "villa nostra de las Alcoras" para celebrar mercado los miércoles, tradición que hoy, casi siete siglos después, todavía se mantiene.

El 31 de diciembre de 1336 Juan Ximénez d'Urrea concede mandas para el sostén y construcción de la iglesia de l'Alcora. De esta época conserva la iglesia parroquial algunos elementos góticos, enmascarados por las sucesivas remodelaciones y ampliaciones de que ha sido objeto.

Fecha de especial significación histórica para la comarca de l'Alcalatén es 1418. Según Concordia firmada por los municipios de Llucena y l'Alcora, se acuerda entre ambos el reparto de las tierras del poblado de l'Alcalatén. situado a los pies del castillo homónimo, que había entrado en una profunda crisis poblacional durante el siglo XIV. El documento se conserva en el archivo histórico de Llucena.

Entre los restos arquitectónicos adscribibles a estos siglos cabe destacar dos arcos apuntados localizados en la plaza del Patio, junto al trazado de la muralla medieval del l'Alcora, de la que quedan vestigios en numerosos puntos del casco antiguo de la ciudad. También merece mención el antiguo Ayuntamiento, hoy rehabilitado como Casa de la Música, que guarda en su sótano cuatro arcos góticos apuntados, un arco rebajado renacentista y un pequeño lienzo de tapial.